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基因连锁图
摩尔根证明了基因位于染色体上。但一种生物的基因数目远远多于染色体的数目，因而一条染色体上存在多个基因，就成为一个必然的推论。很多基因存在于同一条染色体上，称为基因连锁（linkage）。这就合理地解释了生物性状的连锁遗传现象。
1906年贝特森和庞尼特（R·C·Punnett）就已经在甜豌豆中发现了生物性状的连锁遗传现象，但当时他们无法对此做出解释。1911年摩尔根提出，果蝇的白眼、黄身和小翅基因连锁于X染色体上，以染色体遗传学说解释了生物性状的连锁遗传现象。由于在生殖细胞形成过程中，细胞中配对的染色体之间发生片段的交换，使后代出现少量不同亲代的连锁类型，交换类型总是以一定的比例（称为交换值）出现。1913年，摩尔根的学生，当时21岁的斯特蒂文特（A·H·Stutervant）提出以交换值作为染色体上基因相对距离的想法。在此基础上，制作了关于染色体上基因之间位置关系及其距离的“基因连锁图”。由于对染色体遗传理论的贡献，摩尔根于1933年荣获诺贝尔生理学医学奖。
 第一只白眼果蝇 染色体的变化
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