研究所主要研究方向集中在蛋白质科学和脑与认知科学两大领域,拥有“生物大分子国家重点实验室”和“脑与认知科学国家重点实验室”。2006年12月,经科技部批准,研究所正在筹建蛋白质科学国家实验室。蛋白质科学研究领域包括蛋白质三维结构与功能、生物膜和膜蛋白、蛋白质翻译与折叠、蛋白质相互作用网络、感染与免疫的分子基础、感知觉的分子基础、蛋白质与多肽药物、蛋白质研究新技术新方法等八个重点研究方向。脑与认知科学研究领域包括复杂认知过程及其脑机制、视知觉和注意的基本表达、感知觉信息加工的脑机制、脑与认知功能障碍等四个重点研究方向。
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