上世纪五十年代至八十年代,中国科学院南京土壤研究所在太湖地区进行了一系列的土壤改良、合理施肥、丰产试验等工作。1987年,中科院南京土壤研究所为了在长期监测该地区农业与生态环境的变化的基础上提出国家农业持续发展的对策,同时为满足土壤学与农业学科研究的需求,决定在江苏省常熟市建立太湖农业生态试验站。1992年被选为CERN的第一批野外研究台站,同时更名为中国科学院常熟农业生态实验站,2005年被国家科技部批准为江苏常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站。