中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所上海昆虫博物馆
现收藏全国各地昆虫标本100多万号，保藏着一大批濒危珍稀昆虫标本及国际和国内的危险性检疫害虫标本，系统地介绍了昆虫的起源、演化、形态特征、生活习性、昆虫家族等是我国大型的专业昆虫馆。
中国科学院水生生物研究所淡水鱼类博物馆
目前亚洲规模最大、收集种类最多的淡水鱼类博物馆，是中国科学院在国内具有较好基础的优势学科之一。通过几十年的工作，已经收藏了大量的水生生物标本以及相应的科学积累。
中国科学院动物研究所国家动物博物馆
国家动物博物馆位于中国科学院奥运村园区动物研究所内，是国内外公认的、亚洲最大、研究水平最高、综合实力最强的动物系统分类与进化研究中心，还将借鉴现代化博物馆的主题展示法，采用自然科学与人文科学等多学科的知识集中体现主题，引入4D动感影院等高科技视听设施，让深奥的科学哲理变得更加平易近人。
中国科学院南京地质古生物研究所南京古生物博物馆
中国科学院和江苏省共建的南京古生物博物馆于2005年12月31日向社会非正式开放，大批南京市民和学生以及学龄前儿童来到博物馆，参观和了解地球和生命进化的故事。新完成的博物馆以古生物化石为本，以古无脊椎动物、古植物和微体古生物为主，是目前世界上最大的古生物专业博物馆之一。博物馆藏品丰富，展品精美，其中尤以“澄江动物群”和包括“中华龙鸟”在内的“热河生物群”化石标本最为珍贵，堪称国宝级的化石精品。整个展览讲述一个地球和生命演化历史的故事，内容包括一个“生命的进化” 主题展和十四个专题展。展览引人入胜，精彩生动，寓教于乐。
中国科学院昆明动物研究所昆明动物博物馆
昆明动物博物馆是中国科学院国家知识创新工程的重要项目及中国科学院重点支持的两大博物馆之一，博物馆通过动物的姿态标本、骨骼标本、皮张标本、浸泡标本、生态景观等，按照动物的进化、生息和分布规律，集中反映这些动物的特征、习性、分布等，体现物种和生境的多样性、生物与环境的统一、人与自然的和谐。
中国科学院西双版纳热带植物园热带雨林民族文化博物馆
博物馆位于中国科学院西双版纳热带植物园园内，面积2000平方米，外观体现了傣族建筑的风格。馆辖热带雨林、民族森林文化展厅和热带雨林民族文化研究中心等，是一个集公众教育、科学研究和文物保存等功能的专业性博物馆。