东湖湖泊生态系统试验站

1980年正式建站，东湖站地处长江中游（30°33′N, 114°23′E），海拔高程18米，重点研究水域之一的武汉东湖（面积27.8 km² ，水深2-4米）是长江中下游典型的浅水湖泊。

太湖湖泊生态系统试验站

隶属于中国科学院南京地理与湖泊研究所，由本部和分部组成。无锡本部位于长江流域下游我国五大淡水湖泊梅梁湖的东岸（31°24′N，120°13′E），东太湖分部位于苏州，地处东太湖湖湾的西岸。

胶州湾海洋生态系统定位研究站

胶州湾生态系统研究站隶属于中国科学院海洋研究所，胶州湾站始建于1978年。位于黄海西岸、山东半岛南部胶州湾畔。面积390km²，是一个典型半封闭中型海湾，自然条件优越，生物种类较多，水域生产力高，代表着北太平洋西岸温带海湾生态系统。

大亚湾海洋生物综合试验站

中国科学院大亚湾海洋生物综合试验站建于1984年，隶属于中国科学院南海海洋研究所。是一个半封闭海湾。湾内生物资源丰富，生物类型众多，属亚热带海湾兼有热带特色，位于大亚湾西侧。

三亚热带海洋生物实验站

中国科学院海南热带海洋生物实验站建于1979年，隶属于中国科学院南海海洋研究所。位于海南省三亚市最南端，即 N 18°12′42″，E 109°28′30″，主要从事南海热带海域水域和热带海洋生态系统。