中国科学院遗传与发育生物学研究所
成立于1959年，在2001-2003年经由原中国科学院遗传研究所、发育生物学研究所及石家庄农业现代化研究所整合而组成现在的研究所。
中国科学院武汉病毒研究所
始建于1956年，是专业从事病毒学研究的综合性研究机构。
中国科学院昆明动物研究所
成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站。1963年曾改名为中国科学院西南动物研究所。
中国科学院西北高原生物研究所
成立于1962年，是以从事青藏高原生物科学研究(包括基础理论、应用基础和应用开发研究)为主的公益性综合研究所，其前身是中国科学院青海分院生物研究所。
中国科学院遥感应用研究所
1979年成立，作为我国遥感科学与综合应用技术国家级、开放型研究机构。
中国科学院大气物理研究所
大气所的前身是1928年成立的中央研究院气象研究所，竺可桢、赵九章、顾震潮、叶笃正、陶诗言、曾庆存、洪钟祥、王明星等著名学者曾先后担任所长。
中国科学院南京地质古生物研究所
成立于1951年5月7日，其前身为中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室（组）。
中国科学院南京土壤研究所
成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。以土壤学基础和应用基础研究为主的社会公益性研究所。
中国科学院测量与地球物理研究所
成立于1957年，是中国在大地测量领域最早的研究机构，也是中国科学院唯一从事大地测量学研究的研究所，1970年归属国家地震局，1978年在邓小平同志的关怀下，由中国科学院恢复重建。
中国科学院南海海洋研究所
成立于1959年1月，是我国规模最大的综合性海洋研究机构之一，为中国科学院知识创新工程序列单位。从事海洋地质、地球物理、水文、气象等研究。
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