中国科学院近代物理研究所
创建于1957年，现已发展成为一个以重离子物理及其相关交叉学科为主要研究方向，相应发展粒子加速器和核技术的综合性研究所。
中国科学院过程工程研究所
创建于1958年10月1日，以化工原理强化冶金过程，为冶金工业做出重要贡献。50年来，研究范围逐步扩展到能源化工、生化工程、材料化工、资源/环境工程等领域，学科方向由“化工冶金”发展为“过程工程”。
中国科学院计算技术研究所
创建于1956年，是中国第一个专门从事计算机科学技术综合性研究的学术机构。
中国科学院对地观测与数字地球科学中心
2007年成立，由卫星遥感中心、航空遥感中心、空间数据中心、数字地球实验室4个科技机构组成。
中国科学院自动化研究所
成立于1956年10月，是我国最早成立的国立自动化研究机构。
中国科学院大连化学物理研究所
创建于1949年3月19日，原名为“大连大学科学研究所”。1962年，改为“中国科学院大连化学物理研究所”。 是一个应用研究与基础研究并重、具有较强技术开发实力、以承担国家和企业重大项目为主的化学化工研究所。
中国科学院沈阳自动化研究所
成立于 1958年11月。1962年前的名称为沈阳电子技术研究所，1962年至1972年的名称为东北工业自动化研究所，1972年起正式定名为中国科学院沈阳自动化研究所。沈阳自动化所自建所起长期从事工业自动化工作。
中国科学院上海硅酸盐研究所
源于1928年成立的国立中央研究院工程研究所， 1954年更名为中国科学院冶金陶瓷研究所。1959年定名为中国科学院硅酸盐化学与工学研究所，1984年改名为中国科学院上海硅酸盐研究所。
中国科学院微生物研究所
1958年12月3日由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。
中国科学院生物物理研究所
创建于1958年，是国家生命科学基础研究所。其前身是1957年建立的北京实验生物学研究所。